Atualmente, o Guarujá é conhecido como a "Pérola do Atlântico" devido as suas belas praias e belezas naturais. Muito procurada pelos turistas na alta temporada, a cidade conta com praias urbanizadas e algumas selvagens, acessíveis apenas por trilhas. Além do litoral, Guarujá oferece construções históricas e trilhas de ecoturismo. Outra atração local é a pesca artesanal, que pode ser vista e praticada em diversas praias do município.

Depois da segunda metade da década de 1990, percebe-se uma recuperação progressiva do balneário, com investimentos em saneamento, habitação, infra-estrutura e até mesmo efeitos benéficos da divisão do total de turistas com outras regiões, causando menor sobrecarregamento na cidade. Paulatinamente a cidade começa a receber novos investimentos e começa a desenvolver o turismo de negócios e a prestação de serviços, visando a expandir sua base econômica e se tornar menos dependente do turismo sazonal.

Um acesso ao Guarujá (Ilha de Santo Amaro) pode ser feito por balsas da Travessia Santos-Guarujá, que partem da Ponta da Praia em Santos. Na travessia são utilizadas 6 balsas que tem capacidade para 12 e 40 carros, a capacidade da travessia é atualmente de 1500 carros por hora. A travessia entre Santos e Guarujá tem um dos maiores volumes de tráfego do mundo, são 28 mil veículos por dia, ida e volta, nos meses de novembro a março, o movimento chega a 35 mil veículos por dia.

Outro acesso é pela Rodovia Cônego Domênico Rangoni que percorre a área continental do município de Santos, chegando a ilha através da Ponte do Monte Cabrão no Canal de Bertioga. Após o Canal de Bertioga, temos quatro entradas para a cidade. Uma é o Trevo da Vila Áurea. A outra é a rua Professor Idalino Pinez, mais conhecida como rua do Adubo, largamente utilizadas pelos caminhões que chegam e buscam o cais do Porto de Santos. A Terceira é o Viaduto que atravessa a rodovia e os bairros de Morrinhos e Vila Zilda, fazendo a ligação com o Túnel em direção as praias da Enseada e outras. A quarta e mais importante entrada fica no fim do trecho sob jurisdição da Ecovias e da acesso direto à sede do município.

Pedestres podem aceder à ilha por via marítima, as barcas partem do centro de Santos com destino a Vicente de Carvalho, há barcas também na Ponta da Praia em Santos com destino ao outro lado do estuário.

 O Guarujá é reduto de muitos surfistas da capital de SP, e oferece ótimas condições de surf em suas diversas praias.